Um HPLC und UHPLC Anlagen frei von Verunreinigungen zu halten, die die analytische Säule oder gar das gesamte System schädigen können, wird auf höchste Reinheit bei allen Lösungen, die mit der Anlage in direkten Kontakt kommen, geachtet. Verunreinigungen können nicht nur von außen in das System gelangen, sondern auch aus dem System selbst stammen. Hauptquellen sind vor allem die Kolbendichtungen der Pumpe oder das Rotorseal des Injektionsventils, die mit zunehmender Betriebsdauer Abrieb erzeugen können.
Dieser Abrieb kann zu Ablagerungen oder Verstopfungen auf der stationären Phase oder im HPLC-System führen. Zusätzlich zu einer regelmäßigen Wartung des Systems empfiehlt sich die Verwendung eines Inline Filters, um die Säule und die Anlage zu schützen.